Depuis les indépendances, les stratégies d’allocation budgétaire au niveau du ministère de la santé étaient basées sur l’analyse des budgets passés (allocation historique), les contraintes budgétaires générales et sur des pourcentages d’augmentation des crédits par rapport aux exercices précédents. Elles ne se fondaient pas sur les priorités des programmes. En effet, dans la pratique, la circulaire budgétaire est généralement accompagnée des montants alloués à chaque structure, calculés sur la base des allocations de l’année précédente. La mise en œuvre parfois concomitante de différents instruments ou initiatives (CDMT, PPTE, CGAB, Cadre de planification et de suivi des financements du secteur de la santé) et de différentes stratégies d’allocation budgétaire (IGR, alignement du cycle de planification à l’élaboration du budget de l’Etat, financement basé sur les résultats, budget programme) a certes contribué à accroître globalement le financement de la santé, mais les allocations budgétaires n’ont tenu compte ni des besoins des structures de santé, ni du niveau de santé de la population, ni de l’émergence et la reémergence de certaines pathologies. La conséquence qui en a résulté, est une allocation budgétaire inadaptée et repartie de manière non équitable.