INTRODUCCIÓN Se propusieron marcadores tempranos de cura/falla en el tratamiento de Trypanosoma cruzi (T. cruzi) que han sido ensayados en pacientes de áreas urbanas y con infección congénita, pero no en residentes de áreas endémicas. OBJETIVOS Estudiar la utilidad de marcadores moleculares para la evaluación temprana del éxito terapéutico en el tratamiento etiológico de T. cruzi con benznidazol, teniendo en cuenta comunidades rurales de la provincia del Chaco con interrupción reciente de la transmisión vectorial. MÉTODOS Se realizó el tratamiento (benznidazol 5-8 mg/kg/día; 60 días) y se recogieron muestras de sangre de 76 pacientes a los 20/30 días pos-tratamiento (dpt), a los 60 dpt y a los 180 dpt. Se evaluó el impacto del tratamiento por la detección de ADN parasitario empleando reacciones en cadena de la polimerasa cualitativa (kPCR) y cuantitativa (qPCR). Resultados Se observaron kPCR y/o qPCR positivas en el 59,2% de las muestras pre-tratamiento. En cinco muestras se registraron resultados discordantes entre PCR. Tras el tratamiento, ambas PCR resultaron negativas en la mayoría de las muestras (20/30 dpt: kPCR-pos=1; 60 dpt qPCR-pos=2 y kPCR-pos=1; 180 dpt kPCR-pos=1). La carga de ADN disminuyó significativamente a los 60 dpt (p<0,0001). En muestras kDNA-pos (0 dpt), se identificaron UDTs parciales/dudosas (1 TcI y 4 TcII o TcV o TcVI) por amplificaciones inespecíficas. DISCUSIÓN El tratamiento disminuyó la carga de ADN parasitario en todos los pacientes y en la mayoría de los casos a niveles indetectables. El éxito debe ser monitoreado por la carga de ADN parasitario y serología hasta su negativización. La persistencia de ADN hace sospechar la ocurrencia de falla terapéutica.