INTRODUCCIÓN El retardo mental (RM) afecta al 1-3% de la población, y la causa es desconocida en el 50% de los casos. Recientemente se evidenció la importancia de pequeños desbalances genómicos en su etiología. OBJETIVOS Identificar reordenamientos genómicos asociados a RM y establecer la correlación genotipo/fenotipo en una muestra de pacientes del Centro Nacional de Genética Médica. MÉTODOS Se analizaron 80 pacientes con RM y dismorfias, en los que se descartaron anomalías cromosómicas y mutaciones en el gen FMR1 por PCR y Southern Blot. En los pacientes negativos para estas anomalías, se evaluó la presencia de reordenamientos complejos debidos a microdeleciones y/o microduplicaciones por medio de MLPA, FISH y/o array de hibridación genómica comparada (aCGH). RESULTADOS Se detectó una anomalía cromosómica en 3 pacientes y mutación en FMR1 en 4. En 6/80 pacientes se detectaron por MLPA duplicaciones subteloméricas, sin deleciones. En 14/24 pacientes se identificaron duplicaciones y/o deleciones por aCGH. En 5 se identificaron variantes benignas (CNVs) y en 7, variantes de significado incierto (VOUS). Hubo 2 casos de deleciones consideradas patogénicas, una deleción de 525Kb en 16p11.2 y una de 9,2 Mb en 10q26.12-q26.3. DISCUSIÓN La incorporación de la técnica de aCGH y la correlación genotipo/fenotipo es esencial para caracterizar nuevas entidades clínicas y avanzar en el conocimiento de la etiología del RM. A medida que aumente el número de estudios, se podrá esclarecer el rol causal de nuevas variantes genómicas.