INTRODUCCIÓN Las anomalías congénitas (AC) son la segunda causa de mortalidad infantil y representan el 26% de las defunciones. La tasa de letalidad por AC es una medida del riesgo de morir entre los afectados, que depende de la AC en cuestión, las características clínicas del recién nacido (RN) y los procesos de cuidado/ atención. En Argentina no existen estudios de letalidad por AC específicas. OBJETIVOS Describir y analizar la tasa de letalidad neonatal temprana (LNT) en RN con AC seleccionadas y su asociación con diferentes variables. MÉTODOS Se realizó un estudio observacional de cohorte retrospectiva. Incluyó a RN que presentaban en forma aislada alguna de las AC seleccionadas encefalocele, espina bífida, gastrosquisis, atresia de esófago, atresia intestinal, onfalocele o hernia diafragmática. Como grupo de comparación se empleó a RN con fisuras orales aisladas. El estudio evaluó el riesgo de morir antes de los siete días de vida (LNT) en los RN afectados, con ajuste por las siguientes variables: sexo, edad gestacional, peso al nacer, edad materna, detección prenatal, región geográfica y nivel de complejidad del hospital de nacimiento. Se realizó análisis bivariado y multivariado. Se trabajó con RN en maternidades del Registro Nacional de Anomalías Congénitas (RENAC) durante 2013. Resultados La AC que presentó la mayor tasa de letalidad fue la hernia diafragmática, que a su vez presentó heterogeneidad según la región geográfica. En comparación con el grupo con fisuras orales, los RN con atresia de esófago, encefalocele, hernia diafragmática u onfalocele mostraron una tasa de LNT significativamente mayor, con ajuste por las variables confusoras. Considerando a todos los RN afectados por las AC seleccionadas, el Noreste Argentino (NEA) tuvo la tasa de LNT claramente mayor. DISCUSIÓN La tasa de LNT se asocia a la gravedad de la AC, mientras que las variables clínicas o de cuidado/atención parecerían no aumentar este riesgo. El mayor riesgo en la región NEA sugiere focalizar las intervenciones.