Los estudios publicados a nivel mundial demuestran que la incorporación de la tecnología de secuenciación masiva (NGS) para el diagnóstico de enfermedades pediátricas impacta a nivel de tiempo de respuesta, terapéutica personalizada, asesoramiento genético y prevención, permitiendo incorporar la medicina de precisión a la práctica diaria. La información sobre el uso de estas técnicas en nuestro medio es escasa. El objetivo del trabajo fue evaluar la eficiencia diagnóstica, el impacto clínico y la relación de costo efectividad de los diagnósticos moleculares realizados por NGS en una cohorte de niños con sospecha de enfermedad genética en un hospital pediátrico. MÉTODOS Se analizaron las fichas clínicas e informes de resultados de 265 casos estudiados por NGS por sospecha de enfermedad monogénica en nuestro hospital entre 2019 y 2021. Se estimó la eficiencia diagnóstica evaluando casos resueltos sobre casos totales de forma global y para cada grupo de patologías. Se evaluó el impacto clínico de los casos con diagnóstico molecular de certeza y, en un grupo de casos testigo, el impacto económico. RESULTADOS Se obtuvo una eficiencia diagnóstica global del 46%, con un rango entre 23 y 75% dependiendo del fenotipo primario del grupo de pacientes. En 30% de los casos, el estudio molecular modificó el diagnóstico presuntivo, en 57% sirvió para precisar el diagnóstico dentro de un grupo amplio de diagnósticos presuntivos y en 13% confirmó el diagnóstico sospechado. En un grupo de casos testigo se evidenció un ahorro al sistema de salud de entre $30000-200000 por paciente por estudios y días de internación evitados. DISCUSIÓN Pudimos demostrar la capacidad instalada en un hospital público para hacer diagnóstico genético por medio de NGS con una eficiencia diagnostica del 46%, logrando dar respuesta a 123 familias. Se demostró un alto impacto clínico al permitir ajustar terapéutica, seguimiento y asesoramiento genético, lo que, sumado al aspecto económico, resulta en un importante impacto a nivel de salud pública