El proceso de toma de decisiones en el ámbito de la administración pública es motivo de investigaciones que la abordan desde diferentes miradas y disciplinas. Se ha enfatizado en el diseño de políticas públicas con base en evidencias, como la evaluación de tecnologías sanitarias, pero esta no son el único sustento sobre el cual se diseñan políticas públicas. En pandemia se observó una gran variabilidad en las tecnologías sanitarias recomendadas y cubiertas por distintos ministerios de salud, en un país federal como Argentina. Se indagó acerca de los procesos y los resultados de la toma de decisiones sobre tecnologías sanitarias en ministerios de salud de Argentina en el contexto de la pandemia por COVID-19. Se realizó una triangulación de métodos cuantitativos y cualitativos. El diseño fue de corte transversal recolectando información de los años 2020-2021 mediante revisión documental y de páginas electrónicas, encuestas y entrevistas con miembros de los ministerios de salud de la Nación y de provincias argentinas, y con otros actores sociales identificados en el proceso de investigación. Se identificó una importante variabilidad en las tecnologías recomendadas y cubiertas por los distintos Ministerios de Salud de Argentina. Se identificó la influencia que tiene la coexistencia de criterios técnicos y políticos, sumadas a la experiencia del decisor, su perfil, sus valores, sus sesgos cognitivos, las características de su equipo de asesores, las relaciones de poder dentro de la administración y fuera de la misma, donde influyeron medios de comunicación, la presión social, los poderes Judicial y Legislativo, y el contexto político y económico.