Las filarias son nematodes que se transmiten por artrópodos hematófagos y afectan a carnívoros domésticos y silvestres. Se han descripto como enfermedades zoonóticas, especies de filarias que parasitan naturalmente a los mamíferos y la más frecuente en América es Dirofilaria immitis. La aparición de las zoonosis constituye un grave problema para la salud pública. Sin embargo, aspectos relacionados con la eco-epidemiología de estas enfermedades han sido poco estudiados. Este trabajo se realizó con el objetivo de establecer la riqueza y prevalencia de especies de filarias en carnívoros domésticos y silvestres en el noroeste de Misiones e identificar las especies de filarias que presentan un potencial riesgo zoonótico para la población. Con la Técnica de Knott se analizaron un total de 196 muestras de las cuales 34 correspondían a carnívoros silvestres y 160 a domésticos. Hallamos microfilarias en el 65.38% de coaties (17/26), mientras que para los carnívoros silvestres restantes (8) y los domésticos (160) el resultado fue negativo. En los coatíes se hallaron microfilarias de 197 μm de largo, con vaina mucho más larga que el cuerpo, cola aguzada con núcleo terminal. Estas características se corresponden con Brugia sp. Otras microfilarias caracterizadas como “tipo 1” de 237 μm, sin vaina y cola con extremo redondeado con núcleo y microfilarias caracterizadas como “tipo 2” de 278 μm, sin vaina y cola aguzada levemente curvada. Éstas dos últimas microfilarias halladas en los coatíes podrían corresponder a Mansonella sp. y a Acanthocheilonema reconditum. De los análisis moleculares, se pudieron obtener 11 secuencias legibles de las cuales ocho se correspondieron con Mansonella ozzardi en un 87-90% de la secuencia y tres arrojaron un 87% de similitud con Wuchereria bancrofti