INTRODUCCIÓN Se han descripto los peligros asociados con el uso recreacional de aguas en ambientes antropogénicos, sin embargo en el contexto local aún no se han realizado estudios. OBJETIVO Relacionar la calidad microbiológica de aguas recreativas del departamento Capital de Misiones y los casos clínicos notificados al sistema público. MÉTODOS Se determinaron parásitos patógenos, coliformes totales (CT), coliformes fecales (CF), enterococos (EC) y E. coli durante 45 semanas en cinco estaciones de muestreo habilitadas, y se relevaron datos de enfermedades notificadas durante 2018. RESULTADOS Se encontró (en NMP/100 ml); CT 1588,8 +/- 480,3; CF 729,1 +/- 280,2; E. coli 241,0 +/- 179,5 y EC 39,6 +/- 12,9. La recuperación de parásitos fue de 0,04 %. Sólo dos balnearios resultaron satisfactorios en el 100 % de los muestreos, mientras que el resto lo fueron en un 84%, 80% y 64%. Del 100% de los parámetros que estuvieron fuera del límite 15% fueron CT, 23% fueron E. coli, 31% fueron CF y también EC. Los niños de 2 a 4 años fueron los principales afectados por patologías de origen hídrico. Las infecciones intestinales bacilares y bacterianas (58%) y las diarreas y gastroenteritis de presunto origen infeccioso (35%) fueron las más notificadas. Hubo un mayor porcentaje de patologías asociadas a causas hídricas durante noviembre y octubre, lo que coincidió con recuentos de CF, EC y E. coli alterados. DISCUSIÓN La baja sensibilidad para determinar parásitos se debió al pequeño volumen de agua utilizado para realizar las filtraciones. Los recuentos elevados podrían haber sido causantes de algunas de las enfermedades halladas en noviembre, teniendo en cuenta que las altas temperaturas condicionan un mayor contacto con los recursos hídricos. Se requieren estudios epidemiológicos interdisciplinarios que permitan relacionar de manera fehaciente la incidencia de la calidad sanitaria de las aguas sobre la población que las utiliza