INTRODUCCIÓN Las mutaciones que confieren resistencia a los antirretrovirales son la principal causa de fallo terapéutico al tratamiento antirretroviral. Los Inhibidores de Integrasa poseen buena tolerabilidad y alta potencia, reservados para casos especiales, por el costo y para evitar el surgimiento de mutaciones de resistencia que pongan en riesgo su eficacia. El estudio de la resistencia viral y los subtipos de HIV-1 circulantes en nuestra población podría contribuir a mejorar la elección de los esquemas, en base a evidencia científica y así optimizar el uso de nuevos fármacos. MATERIALES Y MÉTODOS En un total de 33 pacientes HIV-1 positivos (14 adolescentes y 19 adultos) en tratamiento con raltegravir, se realizó secuenciación del gen de integrasa del HIV-1. Se utilizó Stanford HIVdb para identificar mutaciones asociadas de resistencia, y su nivel de susceptibilidad. Se utilizó el análisis de recombinación y reconstrucción filogenética con el método de Neighbor-Joining para el análisis de subtipo. Las comparaciones estadísticas entre grupos se realizaron con el test Exacto de Fisher. RESULTADOS Las secuencias genómicas de la integrasa se caracterizaron como; subtipo F (16, 49%), subtipo B (8, 24%) o recombinantes BF (9, 27%). En 26 casos (78%) se encontró al menos una mutación de resistencia. Los genomas de la integrasa del subtipo B seleccionaron la mutación Q148H/R+G140S y E138K/A, mientras que el subtipo F fue asociada con la N155H y con la falta de mutaciones. Los perfiles mutacionales predijeron un mayor nivel de resistencia cruzada a Dolutegravir en los genomas del subtipo B frente al F. DISCUSIÓN Se reconoció una amplia diversidad sobre el genoma de la Integrasa para los recombinantes BF. La caracterización del subtipo de HIV-1 en la secuencia genómica de Integrasa podría ser útil para guiar el uso de Raltegravir y preservar las opciones terapéuticas de segunda generación como el Dolutegravir y el Cabotegravir en nuestra población