En Argentina nacen alrededor de 1.500 niños con la enfermedad de Chagas (EC) congénita por año. Un muy bajo porcentaje de estos recién nacidos son diagnosticados debido a diferentes factores, tales como la falta de métodos diagnósticos sensibles y el déficit en el cumplimiento de las pautas de seguimiento en los niños en riesgo de infección. El diagnóstico temprano es fundamental para garantizar la eficacia del tratamiento. Existe la necesidad de contar con un método de toma de muestra con facilidad de transporte y almacenamiento y un mínimo riesgo biológico. El objetivo del presente estudio fue evaluar la eficacia de la conservación de las muestras de sangre en papel de filtro WHATMAN 903 que permitieran obtener una buena sensibilidad en los resultados de la qPCR para la detección de ADN de T. cruzi en pacientes con Chagas congénito. Para establecer el límite de detección se infectaron artificialmente muestras de sangre negativas con diferentes concentraciones de ADN parasitario. Se llevó a cabo una comparación entre dos kits de extracción comerciales, Qiagen y Roche, encontrando una mayor sensibilidad con el kit deQiagen, los límites de detección fueron LOD95 Roche: 56.87 [36.63-88.29] fg/uL y LOD95 Qiagen: 14.23 [9.30-21.78] fg/uL. Con base en dichos resultados, las muestras de pacientes fueron procesadas con el kit de Qiagen, encontrando una concordancia del 100% entre los resultados obtenidos a partir de sangre entera conservada en guanidina en comparación con las muestras conservadas en papel filtro, demostrando así que el papel de filtro Whatman 903, empleado para la pesquisa neonatal en la República Argentina, es una alternativa válida para ser empleada en el diagnóstico molecular de Chagas congénito. Este trabajo constituye un aporte significativo al diagnóstico temprano y el tratamiento de la enfermedad de Chagas congénita en nuestro país.