INTRODUCCIÓN Las enfermedades zoonóticas transmitidas por garrapatas (tales como rickettsiosis y borreliosis) son consideradas enfermedades emergentes y reemergentes en numerosos lugares del mundo, incluso en Argentina. La Reserva Ecológica Costanera Sur es un área urbana protegida ubicada en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires que se caracteriza por una gran cantidad de ambientes de origen artificial, como bañados, lagunas, pastizales, matorrales y bosques, además de las playas del Río de la Plata. OBJETIVOS Estudiar los aspectos eco-epidemiológicos de las garrapatas y de los microorganismos patógenos transmitidos por garrapatas en la Reserva Ecológica Costanera Sur de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires en el período 2011-2015. MÉTODOS Se realizaron muestreos para recolectar garrapatas de vegetación y de hospedadores como perros y distintas especies de roedores. Mediante técnicas moleculares se buscó la presencia de microorganismos de los géneros Rickettsia (fragmento del ARNr 23S-5S) y Borrelia (fragmento del ARNr 16S). RESULTADOS En total se recolectaron 1090 garrapatas de la vegetación (454 de la especie Amblyomma aureolatum, 653 Ixodes auritulus y 1 Amblyomma triste) y 67 de los perros (64 A. aureolatum, 2 Rhipicephalus sanguineus sensu lato y 1 A. triste). No se detectaron garrapatas en los 201 roedores revisados. Mediante PCR se estudiaron 899 garrapatas (375 A. aureolatum, 523 I. auritulus y 1 A. triste), y se detectó un 8,3% de I. auritulus positivos al género Borrelia. Todas las garrapatas resultaron negativas al género Rickettsia. El producto amplificado positivo a Borrelia pudo ser secuenciado, con un 97,9% de identidad respecto a distintas secuencias del complejo Borrelia burgdorferi sensu lato halladas en garrapatas del género Ixodes en el hemisferio norte. DISCUSIÓN La presencia abundante de las garrapatas A. aureolatum e I. auritulus, así como la detección del complejo B. burgdorferi s. l. en la región resultan de suma importancia para la salud pública.